东京香格里拉大酒店的202间客房和套房分布在酒店的31至37层，平均房间面积50平方米，豪华的总统套房的面积更是达到了269平方米。房间可欣赏远处的东京湾景色或俯瞰丸之内商业区。

所有客房和套房布置高雅、舒适，设施齐全，适合商务人士或休闲旅客。设施包括：宽大办公桌、有线和无线宽带网络、宽敞的浴室和舒适的休息区。客房中舒适的香格里拉大床均配有纱支密度为300的床上用品，总统套房和香格里拉套房的大床则配有纱支密度为800的床上用品。

所有客房还统一配备了大型42英寸超平电视机，浴室内的16英寸电视机。